Đối với tất cả các loại hình kinh doanh, từ các công ty sản xuất công nghiệp truyền thống đến các nhà cung cấp dịch vụ, việc sản xuất và tiêu thụ hàng hóa đều gây ra chất thải năng lượng hay chất thải vật liệu. Mặc dù việc quản lý chất thải một cách hiệu quả có thể giúp phát sinh lợi nhuận nhưng nó đòi hỏi một sự thay đổi cơ bản trong cách xử lý chất thải. Trong hầu hết các trường hợp, giai đoạn cuối trong vòng đời sản phẩm cần được xử lý khá phức tạp và tiêu tốn rất nhiều chi phí cho hầu hết các công ty. Do đó, mặc dù các chất thải hoặc các sản phẩm phụ đi kèm vẫn còn giá trị sử dụng nhưng do việc tái chế tốn nhiều chi phí nên doanh nghiệp vẫn thải loại chúng mà không xem xét tác động của họ đối với môi trường hay xã hội.

Ngoài ra, mặc dù các công ty đang dần thay đổi nhận thức về cách thức và mô hình kinh doanh trong bối cảnh mới, nhưng nhiều doanh nghiệp vẫn chưa thể hình dung được những gì sẽ xảy ra trong tương lai nên quá trình chuyển đổi mô hình kinh doanh vẫn diễn ra hết sức chậm chạp, chủ yếu vẫn gắn liền với những mô hình kinh doanh truyền thống. Sự thiếu và yếu trong năng lực quản trị lẫn tầm nhìn chiến lược là một trong những rào cản của các doanh nghiệp vừa và nhỏ, các doanh nghiệp thuộc khu vực tư nhân trong việc xây dựng và áp dụng mô hình kinh doanh bền vững.

Một trong những khó khăn lớn nhất của các doanh nghiệp thuộc khu vực tư nhân là nguồn vốn hạn chế và khả năng tiếp cận các nguồn hỗ trợ tài chính còn nhiều trở ngại. Sự thay thế các nguồn lực bằng năng lượng tái tạo và việc tích hợp các quá trình tự nhiên vào mô hình kinh doanh là các quy trình không thể đạt được trong một khoảng thời gian ngắn và đòi hỏi vốn đầu tư nhiều. Giống như tất cả các khoản đầu tư có kỳ hạn dài, lợi nhuận trên các khoản đầu tư này không phải lúc nào cũng hiển thị ngay lập tức, vì chúng bao gồm các thay đổi trong toàn bộ hệ sinh thái. Do đó, các doanh nghiệp nhỏ và vừa, các doanh nghiệp thuộc khu vực tư nhân ít có khả năng theo đuổi được các mục tiêu chiến lược mang tính dài hạn như thế này. Hậu quả là việc đầu tư dài hạn như sử dụng năng lượng tái tạo hoặc điều chỉnh quy trình để giảm tác động đến môi trường vẫn chỉ được đánh giá dựa trên giá trị kinh tế thay vì tác động của chúng đối với khí hậu hoặc xã hội. Ngoài ra, do chi phí đầu tư cho nghiên cứu và phát triển (R&D) rất cao và chỉ mang lại lợi ích trong dài hạn nên với phần lớn các doanh nghiệp, công nghệ hiệu quả hơn thường bị bỏ qua và vật liệu giá rẻ và các nguồn năng lượng gây hại cho môi trường vẫn được ưa chuộng sử dụng hơn để phục vụ các mục tiêu ngắn hạn trước mắt.

Hiện nay, Việt Nam chưa có cơ sở dữ liệu về các doanh nghiệp áp dụng các mô hình kinh doanh bền vững, bao trùm, bảo vệ môi trường và ứng phó với biến đổi khí hậu. Vì vậy, các bên liên quan như khách hàng hoặc nhà đầu tư, đối tác kinh doanh đôi khi gặp khó khăn trong việc tìm kiếm đối tác. 

Việc thiếu vắng cơ sở dữ liệu một phần là do chưa nhiều các công cụ, tổ chức tiến hành đo lường sự tác động tới môi trường, xã hội của doanh nghiệp. Việc thiếu vắng các cơ chế, tổ chức uy tín công nhận cũng khiến các doanh nghiệp có sản phẩm, dịch vụ, mô hình kinh doanh bền vững chưa lan tỏa được rộng rãi trong cộng đồng.

Ngoài ra, để khuyến khích được các doanh nghiệp chuyển đổi, điều quan trọng là có một hệ sinh thái các đối tác liên quan có thể hỗ trợ, khuyến khích và phụ trợ cho doanh nghiệp chuyển đổi. Doanh nghiệp muốn phát triển mô hình kinh doanh bền vững thì cần một chuỗi giá trị bền vững, từ nguồn nguyên vật liệu, sản xuất, tiêu thụ, tái sử dụng, sửa chữa… cần phát triển và thiết kế hướng tới thân thiện môi trường, bao trùm. Trong một hệ sinh thái doanh nghiệp, sẽ cần mất nhiều thời gian để đảm bảo rằng tất cả các bên liên quan đều tuân thủ một mức độ cụ thể về chất lượng, môi trường hoặc tính bền vững xã hội.

Trong khi đó, thực tế phần lớn các doanh nghiệp đi theo con đường riêng của họ mà không phối hợp được với các bên liên quan khi nói đến các hoạt động tái chế, tái sử dụng và sửa chữa. Một trong các nguyên nhân là do hiện nay, không có dữ liệu, không có điểm kết nối để các bên tìm kiếm đến nhau và thỏa thuận về khuôn khổ chung hoặc chưa có mạng lưới tư vấn về tiêu chuẩn trong ngành để định hướng các bên cùng tham gia. Điều này đã gây ra trở ngại trong việc khuyến khích các bên liên quan cùng đồng thuận và tham gia, khó có thể duy trì và tạo thành một chuỗi giá trị bền vững.

Việt Nam đã có một số chính sách, chương trình hỗ trợ, khuyến khích doanh nghiệp áp dụng các mô hình kinh doanh bền vững, bảo vệ môi trường như phân tích ở trên. Tuy nhiên, những chính sách, chương trình còn chưa đáp ứng được nhu cầu của doanh nghiệp, nhất là các doanh nghiệp nhỏ và vừa. 

Nguồn lực cho các dự án về thúc đẩy tăng trưởng xanh, phát triển bền vững vẫn chủ yếu phụ thuộc nhiều vào ngân sách nhà nước. Tuy nhiên, nguồn ngân sách tập trung vào chi cho các nhiệm vụ bảo vệ môi trường, nên nguồn lực để hỗ trợ doanh nghiệp ứng dụng các mô hình kinh doanh bền vững, bao trùm, công nghệ môi trường trong thời gian qua rất hạn chế, chưa có nhiều các hỗ trợ kỹ thuật, trực tiếp tới từng doanh nghiệp. 

Một số Chương trình, Dự án mới dừng lại ở nâng cao nhận thức, đào tạo trên diện rộng chứ chưa đi sâu vào nhu cầu cụ thể, giải quyết được những khó khăn cụ thể của doanh nghiệp. Trong khi đó, để doanh nghiệp chuyển đổi, áp dụng các mô hình kinh doanh bền vững thì cần có các hỗ trợ kỹ thuật, đồng hành cùng doanh nghiệp để giải quyết những vấn đề cụ thể.

Ngoài ra, những doanh nghiệp kinh doanh bền vững khi có sản phẩm, dịch vụ, mô hình mới cũng gặp nhiều khó khăn trong việc triển khai thí điểm mà cần sự ủng hộ, bảo trợ, hướng dẫn của các cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

Các hỗ trợ từ các Chương trình, Dự án của Chính phủ, cơ quan tài trợ tuy đã góp phần thúc đẩy nhanh hơn và thuận lợi hơn của các doanh nghiệp khi áp dụng các mô hình kinh doanh bền vững nhưng số lượng doanh nghiệp được hỗ trợ còn ít, chưa đủ với nhu cầu của cộng đồng doanh nghiệp; chưa tạo ra được hệ sinh thái, cộng đồng cho các doanh nghiệp phát triển theo hướng bền vững, trong khi để phát triển bền vững thì cần rất nhiều các bên liên quan tham gia.