Bộ Tài chính và Bộ Công Thương đã ban hành Thông tư liên tịch số 221/2012/TTLT-BTC-BCT hướng dẫn chế độ quản lý, sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước (NSNN) thực hiện Chiến lược sản xuất sạch hơn trong công nghiệp đến năm 2020. Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 10-2-2013.

Kinh phí thực hiện các đề án thành phần của Chiến lược do NSNN đảm bảo từ nguồn chi sự nghiệp kinh tế (bao gồm cả nguồn vốn viện trợ). Ngoài ra cần huy động các nguồn tài trợ, đầu tư của các tổ chức, cá nhân trong nước và nước ngoài và các nguồn vốn hợp pháp khác để thực hiện các đề án của Chiến lược.

Thông tư quy định những khoản chi để thực hiện các đề án của Chiến lược gồm: Chi cho nâng cao nhận thức và năng lực áp dụng sản xuất sạch hơn trong công nghiệp; Hỗ trợ áp dụng sản xuất sạch hơn tại các cơ sở sản xuất công nghiệp; Xây dựng và vận hành cơ sở dữ liệu và trang thông tin điện tử về sản xuất sạch hơn trong công nghiệp tại Bộ Công Thương…

Mức chi được quy định cụ thể như sau: Mức chi thực hiện các đề án của Chiến lược phải thực hiện theo đúng định mức, chế độ chi tiêu tài chính hiện hành do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định. Mức chi hỗ trợ đánh giá sản xuất sạch hơn cho các cơ sở sản xuất công nghiệp tối đa không quá 50% chi phí tư vấn, nhưng không quá 50 triệu đồng/1 cơ sở.

Hàng năm, căn cứ vào Chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ, Thông tư hướng dẫn lập dự toán ngân sách của Bộ Tài chính, nội dung thực hiện các đề án thành phần của Chiến lược sản xuất sạch hơn, chế độ chi tiêu tài chính hiện hành và một số mức chi quy định tại Thông tư này, đơn vị được giao nhiệm vụ thực hiện các nội dung đề án thành phần của Chiến lược lập dự toán kinh phí báo cáo Bộ Công Thương xem xét tổng hợp vào dự toán ngân sách của Bộ cùng với thời điểm lập dự toán ngân sách hàng năm gửi Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư xem xét tổng hợp trình Chính phủ, trình Quốc hội phê duyệt.

Các đơn vị được giao thực hiện các đề án của Chiến lược có trách nhiệm báo cáo định kỳ hàng năm về tình hình thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Công Thương. Định kỳ hàng năm, Bộ Công Thương tổng hợp tình hình thực hiện Chiến lược báo cáo Thủ tướng Chính phủ, đồng gửi Bộ Tài chính.