Khó khăn đầu tiên là các công nghệ trong nước được các trường đại học, viện nghiên cứu chủ yếu mới chỉ được áp dụng trong quy mô phòng thí nghiệm và chưa được hoàn chỉnh. Do đó, những công nghệ này đưa vào thực tế gặp khá nhiều sai sót cần thay đổi và chính điều này làm mất thời gian của doanh nghiệp. Trong khi đó, công nghệ ngoại nhập giá thường cao, doanh nghiệp vừa và nhỏ chưa có điều kiện và vốn để đầu tư.

Thực tế cho thấy, một số kết quả nghiên cứu công nghệ cho hiệu quả ứng dụng tốt, mang lại hiệu quả kinh tế, nhà nước cũng đã có các chương trình hỗ trợ doanh nghiệp nhưng công tác CGCN vẫn chưa đáp ứng được nhu cầu. Nguyên nhân của thực tế này ngoài việc thiếu vốn là bản thân các doanh nghiệp, đặc biệt là phần lớn các doanh nghiệp nhỏ thiếu thông tin và kinh nghiệm, chưa có kế hoạch và lộ trình dài hạn cho việc CGCN, chưa gắn kết hài hòa giữa các thành phần thiết bị, nhân lực, quản lý và thị trường trong CGCN.

Các doanh nghiệp Việt còn yếu kém trong khả năng quản lý và tổ chức hoạt động CGCN, bắt đầu từ khâu soạn thảo hợp đồng. Kỹ năng chuyên môn về soạn thảo hợp đồng chuyển giao công nghệ của chúng ta còn quá yếu kém và thiếu chuyên môn so với các doanh nghiệp và các đối tác nước ngoài. Bên cạnh các doanh nghiệp, các đơn vị có liên quan như viện, trường, các tổ chức liên quan,…  cũng vướng phải nhiều khó khăn trong CGCN do kỹ năng soạn thảo hợp đồng còn yếu kém, các điều khoản hợp đồng chưa được rõ ràng. Nhiều hợp đồng chưa chốt được chính xác thời hạn CGCN, không ghi những thông số quan trọng của công nghệ được chuyển giao. Điểm đáng nói là dù không có kinh nghiệm soạn thảo hợp đồng nhưng các doanh nghiệp Việt và nhiều đơn vị liên quan của nước ta rất ít khi thuê luật sư trong quá trình CGCN – những người có kiến thức chuyên môn về Luật và có khả năng nắm bắt các yêu tốt then chốt của hợp đồng.

Ngoài ra, tại Việt Nam, sự phát triển thị trường công nghệ mới bắt đầu, mạng lưới nhà nước - viện trường - doanh nghiệp - các tổ chức trung gian chưa hình thành mối liên hệ chặt chẽ. Điều này dẫn đến sự khó khăn khi các nhà khoa học muốn đưa thành quả nghiên cứu của mình - các sản phẩm công nghệ ra thị trường lại không tìm được cách thức, chưa có phương án để thu hút các nhà đầu tư hay các doanh nghiệp. Ngược lại nhiều doanh nghiệp cũng không nắm được thông tin để tiếp cận với công nghệ mới.

Tóm lại, việc CGCN trong cộng đồng doanh nghiệp Việt Nam rất cần thiết và đòi hỏi sự quan tâm từ chính các doanh nghiệp, các cấp chính quyền. Doanh nghiệp cần tập trung nâng cao nội lực, kỹ năng trong các hoạt động, tổ chức việc CGCN. Bên cạnh đó, chính quyền các cấp cũng cần tích cực hơn trong thúc đẩy, hỗ trợ các doanh nghiệp và các đơn vị liên quan thực hiện đúng chính sách CGCN.