Tuy nhiên, hơn 90% doanh nghiệp giấy không có hệ thống xử lý nước thải hoặc có nhưng chưa đạt yêu cầu, vì thế, tình trạng gây ô nhiễm môi trường do sản xuất giấy cũng đang là vấn đề được nhiều người quan tâm.

Mấy năm qua, giấy Bãi Bằng đã thực hiện giải pháp thu hồi nhiệt thải không chỉ tiết kiệm hóa chất, giảm bớt nhiên liệu đầu vào, giảm lãng phí tài nguyên, mà còn đem lại lợi nhuận kinh tế đáng kể cho doanh nghiệp, hạn chế 90% lượng khí mang mùi ra môi trường do không phải xả dịch đen mỗi khi vệ sinh bể, giảm ách tắc dây chuyền sản xuất.

Tháng 4/2011, Nhà máy Mỹ Xuân thuộc Công ty Cổ phần giấy Sài Gòn đầu tư hệ thống xử lý nước thải trị giá hơn 100 tỷ đồng của Nhà máy Giấy Mỹ Xuân II (Bà Rịa - Vũng Tàu). Mặc dù sở hữu hệ thống xử lý nước thải được đầu tư bài bản, nhưng 3 năm qua, giấy Sài Gòn vẫn phải gánh thêm nhiều chi phí do những yêu cầu oái ăm về môi trường, thậm chí với một số tiêu chuẩn còn cao hơn cả châu Âu. Ví dụ:  chỉ tiêu COD trong nước thải là một tiêu chuẩn để xác định khối lượng của các chất ô nhiễm hữu cơ trong nước; nước có chỉ số COD càng thấp thì càng sạch. Theo tiêu chuẩn Việt Nam, lượng COD trong nước thải của Nhà máy Mỹ Xuân II chỉ được phép chứa tối đa 200 mg/lít, khắt khe hơn 1,5 lần so với chuẩn ở Hà Lan là 325 mg/lít.

Để đạt được những yêu cầu này, chi phí xử lý nước thải của Nhà máy Mỹ Xuân II là khoảng 8.614 đồng/m³. Với lượng nước thải trung bình mỗi ngày cần xử lý khoảng 6.000 m³, tính ra mỗi tháng nhà máy mất gần 1,6 tỷ đồng. Chuẩn đặt ra quá cao là một trong những nguyên nhân khiến nhiều doanh nghiệp không đáp ứng được phải tìm cách lách, hệ quả cuối cùng là môi trường vẫn  bị ô nhiễm.

Xử lý bùn vi sinh thải ra từ hệ thống xử lý nước thải của nhà máy cũng là một vấn đề nữa, lấy đi của nhà máy khoảng 225 triệu đồng/tháng. Trong khi đó, bản chất của bùn vi sinh với thành phần chủ yếu là vi sinh vật, rất phù hợp để làm phân bón cho cây. Thời gian qua, giấy Sài Gòn đã kiến nghị Bộ Tài nguyên và Môi trường tạo điều kiện cho doanh nghiệp được tái sử dụng bùn vi sinh để giảm chi phí, nhưng đến nay vẫn chưa được giải quyết.

Giấy Sài Gòn, giấy Bãi Bằng là 2 trong số ít các doanh nghiệp giấy đầu tư hệ thống xử lý nước thải bài bản, đạt chuẩn quốc tế. Số vốn đầu tư này tương đương với yêu cầu về chi phí sản xuất sạch hiện chiếm tới 10% tổng chi phí sản xuất. Trong khi đó, rất nhiều nhà máy giấy hiện đang sử dụng công nghệ lạc hậu gây tiêu tốn năng lượng và ô nhiễm môi trường. Theo thống kê, hiện còn hơn 90% doanh nghiệp chỉ xử lý nước thải theo kiểu đối phó để không tốn thêm khoản chi phí này. Như vậy, doanh nghiệp đầu tư đàng hoàng sẽ khó cạnh tranh về chi phí và giá bán so với doanh nghiệp không chịu đầu tư.