Sản phẩm của Tổng công ty Giấy chủ yếu là giấy viết, in và photocopy, ngoài ra, tổng công ty còn sản xuất Clo với công suất 6.500 tấn/năm và xút với công suất 7.000 tấn/năm để cung cấp cho quá trình tẩy trắng bột giấy. Nguyên liệu sản xuất chính là tre, gỗ, bột giấy trong nước và nhập ngoại; Hóa chất sử dụng: CaCO3, NaSO4, H2O2, NaCl và Oxy... Nhiên liệu sử dụng: dầu FO, than. Từ năm 1982 đến năm 2003, việc thực hiện các biện pháp bảo vệ môi trường của tổng công ty chưa được đầu tư đúng mức, đặc biệt là hồ bùn vôi có hiện tượng nước thải thẩm thấu vào đất gây ảnh hưởng đến nước giếng của nhân dân xã Phú Nham (Phù Ninh); khí thải phát sinh từ công đoạn nấu bột giấy chưa được xử lý triệt để gây mùi khó chịu và nước thải phát sinh trong quá trình sản xuất chưa đáp ứng được so với tiêu chuẩn quy định.

Nhằm giảm thiểu tình trạng này, trong những năm vừa qua, tổng công ty đã tập trung, nỗ lực đầu tư kinh phí xây dựng các công trình xử lý triệt để ô nhiễm. Trước năm 2003, hệ thống xử lý nước thải của tổng công ty chỉ bao gồm xử lý cơ, hóa học bằng phương pháp bông kết lắng có điều chỉnh pH. Hệ thống này nước thải sản xuất chỉ được điều chỉnh pH và xử lý chất rắn lơ lửng. Đến nay tổng công ty đã áp dụng rất nhiều các biện pháp để khép kín nguồn thải, giảm thiểu lượng nước thải, tải lượng các chất ô nhiễm ra môi trường và làm tốt khâu xử lý cuối đường ống. Thực hiện khép kín toàn bộ nước thải có chứa chất ô nhiễm vào cống ngầm để đưa về hệ thống xử lý nước thải tập trung và khảo sát cân bằng nước toàn tổng công ty nhằm kiểm soát lưu lượng nước cấp và nước thải phát sinh trong quá trình sản xuất.

Bên cạnh đó, tổng công ty đã đầu tư 149 tỷ đồng để cải tạo công nghệ tẩy trắng sản phẩm, bổ sung thêm giai đoạn loại lignin bằng ôxy để làm trắng bột giấy, làm giảm 15 kg Clo/tấn bột, tuần hoàn lại nước rửa bột ở giai đoạn tẩy bằng ôxy để mang đi chưng bốc và đốt, giảm 50% COD trong nước thải bộ phận tẩy. Đặc biệt, tổng công ty đã đầu tư 100 tỷ đồng để hoàn thiện hệ thống xử lý nước thải, công suất thiết kế là 30.000 m3/ngày đêm với công nghệ tiên tiến, hiện đại của công nghệ xử lý nước thải ngành giấy thế giới. Hiện tại, tổng công ty có hai nguồn nước thải không được đưa về hệ thống xử lý là nước thải làm mát thiết bị từ sản xuất điện, hơi được xử lý sơ bộ bằng bể lắng rồi thải ra mương Phú Nham và nước thải từ công đoạn rửa nguyên liệu được thải ra mương thủy lợi sử dụng làm nước tưới phục vụ sản xuất nông nghiệp, kết quả phân tích cho thấy, các chỉ tiêu đều nằm trong tiêu chuẩn cho phép. Từ việc đầu tư thích đáng, nước thải của tổng công ty đã được xử lý đảm bảo Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia đối với nước thải của ngành giấy.

Đối với khí thải, tổng công ty đã có hệ thống lọc bụi tĩnh điện xử lý khí thải phát sinh từ lò hơi đốt than và lò hơi thu hồi, hiệu suất thu hồi bụi đạt trên 95%. Tổng công ty đầu tư 141 tỷ đồng trang bị thiết bị thay thế hệ thống chưng bốc dịch trực tiếp bằng hệ thống chưng bốc dịch gián tiếp, trang bị thiết bị giảm thiểu mùi khó chịu của hãng Kvaerner - Thụy Điển. Đầu tư cải tạo hệ thống thu hồi nhiệt của hơi phóng bột để giảm lượng khí thải và mùi khí thải từ bộ phận này với kinh phí là 3 tỷ đồng. Do đó, hàm lượng khí mang mùi trong khói thải lò thu hồi đã giảm được hơn 90%. Chất lượng khí thải của công ty đã được kiểm soát và đảm bảo quy chuẩn thải. Đối với chất thải rắn phát sinh trong quá trình hoạt động sản xuất của tổng công ty hiện đang được quản lý, thu gom, xử lý theo đúng quy định.

Với việc đầu tư nhiều tỷ đồng vào công tác xử lý môi trường, đến nay, tổng công ty đã trở thành doanh nghiệp “mạnh” thân thiện với môi trường.