Hệ thống Sea-FGD (lọc bụi tĩnh điện) được sử dụng ngay trong giai đoạn đốt lò, một trong những hệ thống được sử dụng rộng rãi tại nhiều quốc gia phát triển trên thế giới. Hệ thống lọc Sea-FGD có thể lọc 99,7% bụi thoát ra từ ống khói lò đốt. Cho tới nay, Tập đoàn Điện lực Việt Nam đã lắp đặt hệ thống ESP tại tất cả các nhà máy nhiệt điện trên cả nước. Đặc biệt, tại hai nhà máy Nhiệt điện Duyên Hải 1 và Nhiệt điện Vĩnh Tân 2, bộ lọc bụi tĩnh điện được lắp đặt trên các ống khói ở độ cao 210m, lượng bụi khí thải ra chỉ là 0.03% hầu như hoàn toàn không gây ảnh hưởng gỉ tới môi trường không khí xung quanh và cuộc sống của người dân địa phương.

Hệ thống Sea-FGD có nhược điểm là không thể xủa lý được vấn đề khói đen khi đốt nguyên liệu là dầu FO và HFO. Để xử lý vấn đề này, một số nhà máy trong hệ thống các nhà máy nhiệt điện của EVN, trong đó Nhiệt điện Duyên Hải 1, đã nâng cấp công nghệ và chuyển đổi nhiên liệu đốt thành dầu DO, khí thải sau lọc tĩnh điện đạt chuẩn, không vượt ngưỡng giới hạn của quy chuẩn QCVN 22:2009.

Khí SO2 cũng có thể được xử lý bằng công nghệ Sea-FGD, nhưng thay vì dùng đá vôi để khử thì công nghệ này sử dụng một nguồn nguồn liệu đem lại hiệu quả xử lý cao hơn, giảm lượng chất thải rắn và kinh tế hơn, đó là nước biển. Không những thế, nước biển sau khi khử khí SO2 tạo ra sản phẩm là các muốn sunphat, không gây độc hại đối với môi trường và các sinh vật.

Để xử lý khí thải NOx, các nhà máy Nhiệt điện Duyên Hải 1 và Nhiệt điện Vĩnh Tân 2 đều được đầu tư lắp đặt hệ thống SCR (Selective Catalytic Redution) để xử lý NOx bằng NH3. Công nghệ hiện đại này cho phép nhà máy kiểm soát hàm lượng NOx đáp ứng yêu cầu trước khi thải ra môi trường.

Nhà máy Nhiệt điện Duyên Hải 1 có ngưỡng phát thải khí SO2 chỉ dưới 350 mg/Nm3, khí Nox dưới mức 700/Nm3, đảm bảo quy chuẩn của Việt Nam. Hiện nay, khí thải tại các nhà máy nhiệt điện được đo liên tục bằng thiết bị phân tích, giám sát khí thải tự động (CEMS), và thường xuyên được Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh kiểm tra.