Sản xuất trong lĩnh vực có nguy cơ ô nhiễm môi trường cao, với công suất 220 tấn tinh bột/ngày đêm, mỗi ngày Nhà máy tiêu thụ 800 tấn củ sắn tươi, thải ra môi trường trên 3.500 m3 nước thải, 250 tấn bã thải, vì vậy, nếu không xử lý môi trường một cách triệt để thì Nhà máy sẽ phải đóng cửa. Ý thức được điều này nên trong những năm qua, song song với công tác sản xuất thì công tác BVMT luôn được Ban Lãnh đạo Công ty quan tâm hàng đầu với những đầu tư thích đáng. Để xử lý triệt để các vấn đề môi trường trong quá trình sản xuất, Công ty đã đầu tư hệ thống xử lý nước thải trên 40 tỷ đồng, hệ thống xử lý rác thải trên 30 tỷ đồng (trong đó 15 tỷ đồng cho dây chuyền sấy khô bã sắn để làm thức ăn gia súc và 15 tỷ đồng cho dây chuyền sản xuất phân vi sinh từ võ gỗ củ sắn). Nhờ vậy mà môi trường Nhà máy luôn Xanh - Sạch - Đẹp, được cộng đồng, chính quyền các cấp ghi nhận và đánh giá cao.
Việc đầu tư khép kín hệ thống xử lý môi trường không những đảm bảo về môi trường mà còn đem lại hiệu quả kinh tế cao cho Nhà máy. Khí biogas sinh ra từ hệ thống xử lý nước thải đủ để thay thế lượng than đá sấy khô tinh bột và bã sắn, tiết kiệm 10 tỷ đồng/năm, ngoài ra còn giảm được khoảng 60.000 chứng chỉ CO2 quy đổi - góp phần bảo vệ tầng ô zôn cho Trái đất. Nước thải sau khi xử lý được đưa vào 4 hồ chứa liên tiếp để phân giải tự nhiên, đạt độ trong sạch hoàn toàn, không còn mùi hôi thối. Nước thải sau xử lý đạt loại B, đảm bảo môi trường sinh sống cho cá và các sinh vật khác. Bã sắn sấy khô và phân vi sinh hàng năm cũng đem lại lợi nhuận cho Công ty khoảng 5 tỷ đồng. Đây là lợi ích kép, ngoài việc sử dụng năng lượng sạch, giá rẻ, mỗi năm Nhà máy cũng giảm phát thải vào không khí hàng nghìn tấn khí CO2 độc hại do sử dụng than đá hoặc dầu FO để đốt lò.
Không chỉ vậy, nhiều năm qua, lãnh đạo Công ty luôn xác định, muốn nâng cao năng suất lao động, giảm thiểu ô nhiễm môi trường và tiết kiệm năng lượng cần có những giải pháp đổi mới công nghệ, cải tiến kỹ thuật, Nhà máy đã khuyến khích cán bộ công nhân tìm tòi, nghiên cứu cải tiến kỹ thuật. Nhiều sáng kiến đã được công nhận, mang lại hiệu quả kinh tế cao, mỗi năm tiết kiệm được hàng tỷ đồng và quan trọng là hạn chế phát thải ra môi trường, trong đó có sáng kiến “Cải tiến hệ thống sấy tinh bột sắn và cải tạo máy tách nước trong tinh bột...” được Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam tặng Bằng Lao động sáng tạo; Sáng kiến “Cải tạo hệ thống tách nước liên hoàn”; Sáng kiến “Cải tiến giảm thiểu môi trường”; “Cải tạo máy tách nước trong dây chuyền sản xuất tinh bột sắn”…
Nhằm tạo chuỗi sản xuất - kinh doanh khép kín với mục tiêu là giảm chi phí sản xuất, giảm thiểu ô nhiễm môi trường, có điều kiện hỗ trợ cho nhiều người dân nghèo, thời gian qua, bên cạnh việc đẩy mạnh đầu tư sản xuất chế biến tinh bột sắn, Nhà máy đã tổ chức nuôi bò chất lượng cao trên cơ sở tận dụng nguồn lá sắn, bã sắn và lượng thức ăn sẵn có trên địa bàn. Từ kết quả này, Nhà máy đã chuyển giao kỹ thuật cho nhiều hộ gia đình trong toàn tỉnh để nhân rộng mô hình, đồng thời, thu mua, tiêu thụ toàn bộ sản phẩm cho nông dân theo giá thị trường. Việc xử lý rác thải, chất thải chăn nuôi để làm phân vi sinh cũng là một thành công đáng ghi nhận của Nhà máy. Với lượng rác thải sau khi chế biến tinh bột sắn, cộng với nguồn chất thải từ chăn nuôi, Nhà máy cho thu gom lại phơi khô, xử lý diệt vi khuẩn tiềm ẩn rồi trộn với P2O5, men vi sinh ủ trong 2 tháng (tỷ lệ rác thải là 60%; 30% phân bò; 10% than bùn), sau đó xay mịn rồi trộn thêm đạm, lân, kaly... ủ tiếp 10 ngày nữa, tiếp theo là xay, sàng, vo viên, sấy rồi đóng bao cung cấp cho bà con nông dân, đặc biệt là các hộ nông dân trồng sắn tại các vùng đất dốc đã bạc màu.
Nhờ những nỗ lực “biến chất thải thành tiền”, sản phẩm của Nhà máy luôn được thị trường đánh giá cao và cộng đồng xã hội ghi nhận về những đóng góp không nhỏ cho người dân nghèo Quảng Trị. Cũng nhờ xử lý môi trường một cách triệt để nên năm 2013, sản phẩm tinh bột sắn của Nhà máy đã được Tổ chức Sáng kiến Kinh doanh (B.I.D) của Tây Ban Nha trao tặng Danh hiệu “Sản phẩm Chất lượng Quốc tế Thế kỷ - hạng vàng” (trao ngày 9/3/2014 tại Geneva, Thụy Sỹ). Môi trường là một trong những yếu tố quyết định để được Tổ chức B.I.D trao Giải thưởng này. Ngoài ra, năm 2009, Nhà máy đã nhận được Cúp vàng vì Sự nghiệp BVMT do Bộ TN&MT trao tặng cùng nhiều giải thưởng khác.