Từ năm 2008, Kiểm toán Nhà nước (KTNN) cũng đã quyết định thành lập Nhóm công tác về KTMT, đưa nội dung về KTMT vào Kế hoạch hành động thực hiện Chiến lược phát triển KTNN đến năm 2022. Cho đến nay, KTNN đã thực hiện một số cuộc kiểm toán có nội dung liên quan đến môi trường như: Kiểm toán Dự án trồng mới 5 triệu ha rừng; Dự án xử lý nước thải, chất thải rắn và bảo vệ môi trường TP. Hội An; các vấn đề về nước sông Mekong... 

Thống kê cho thấy, từ năm 2010 đến nay, KTNN thực hiện trung bình mỗi năm 5 cuộc kiểm toán về môi trường, với chủ đề đa dạng từ quản lý rừng, đất đai, nước sạch đến quản lý chất thải, khai thác khoáng sản và gần đây nhất là chuyển hóa carbon thấp. Đây là một bước tiến quan trọng trong hoạt động của KTNN với cách tiếp cận phát triển các loại hình, lĩnh vực kiểm toán mới phù hợp với xu hướng và thông lệ quốc tế.

Gần đây, KTNN cũng đã từng bước thực hiện các cuộc KTMT dưới hình thức kiểm toán hoạt động, như về kiểm toán hoạt động quản lý và xử lý nước thải, chất thải các khu công nghiệp, quản lý môi trường của Nhà máy Nhiệt điện Vĩnh Tân 1, tỉnh Bình Thuận; quản lý và xử lý chất thải y tế tại các bệnh viện trên địa bàn TP. Hà Nội; về quản lý, sử dụng kinh phí sự nghiệp môi trường và Quỹ Bảo vệ môi trường; về việc đầu tư xây dựng các nhà máy xử lý nước thải, rác thải; về các biện pháp giảm sử dụng túi ni lông và quản lý nhập khẩu phế liệu…

Năm 2018, KTNN đã thực hiện kiểm toán hoạt động việc thực hiện giải pháp giảm sử dụng túi nilon khó phân hủy tại TP.Hồ Chí Minh theo Đề án của Chính phủ. Kết quả của cuộc kiểm toán này được lãnh đạo KTNN đánh giá cao. Ngoài ra, KTNN cũng đưa vào Kế hoạch kiểm toán năm 2020 cuộc kiểm toán hoạt động quét, thu gom, vận chuyển và xử lý rác thải sinh hoạt trên địa bàn tỉnh Bình Dương giai đoạn 2017 - 2019.

Tuy nhiên, theo đánh giá của KTNN, mặc dù những năm gần đây, công tác KTMT đã được đẩy mạnh nhưng vẫn còn nhiều hạn chế. Các cuộc KTMT vẫn chủ yếu được lồng ghép trong các cuộc kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán tuân thủ và chưa có cuộc KTMT theo đúng nghĩa; chưa có một tổ chức bộ máy cơ sở pháp lý, quy trình, hướng dẫn đầy đủ cho hoạt động KTMT.

Để tạo cơ sở pháp lý quan trọng thuận lợi cho KTNN thực hiện tốt hơn vai trò đã được hiến định, góp phần cải thiện năng lực, hiệu lực và hiệu quả công tác bảo vệ môi trường, mới đây, Luật Bảo vệ môi trường 2020 đã bổ sung 1 điều về KTMT do KTNN thực hiện tại Chương XIV về “Kiểm tra, thanh tra, kiểm toán, xử lý phạm, giải quyết tranh chấp, khiếu nại, tố cáo môi trường”. 

Đồng thời, Chương 6, Điều 74 cũng quy định nội dung thực hiện KTMT tại cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ gồm 2 nội dung: việc sử dụng năng lượng, hóa chất, nguyên liệu, phế liệu nhập khẩu từ nước ngoài làm nguyên liệu sản xuất và Kiểm soát ô nhiễm và quản lý chất thải.

Bên cạnh đó, Nhà nước khuyến khích cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ tự thực hiện KTMT. Quy định này nhằm tạo điều kiện để các cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ chủ động lựa chọn phương án thực hiện tối ưu, phù hợp với điều kiện và khả năng của mình. Đây là một chế định mới, do vậy, để đảm bảo hướng dẫn các doanh nghiệp thực hiện, Bộ TN&MT được giao nhiệm vụ xây dựng hướng dẫn về KTMT tại cơ sở, sản xuất, kinh doanh dịch vụ.