Tại điều 9, Nghị định 95 áp dụng cho cơ quan nhà nước, tổ chức, cá nhân hoạt động khoa học và công nghệ và các tổ chức, cá nhân có liên quan khác, doanh nghiệp nhà nước hằng năm phải trích từ 3%-10% thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp để lập quỹ phát triển KH&CN của mình. Con số này với doanh nghiệp ngoài nhà nước tối đa là 10%.

Theo TS Đào Quang Thủy - Trưởng phòng Phát triển doanh nghiệp KH&CN, Cục Phát triển thị trường và doanh nghiệp KH&CN, Bộ KH&CN, hiện việc trích quỹ phát triển KH&CN không được các doanh nghiệp hào hứng đón nhận.

Tại thành phố Hồ Chí Minh, sau 3 năm kể từ khi Nghị định ban hành, số doanh nghiệp trích lập quỹ KHCN là rất khiêm tốn, chỉ 50 doanh nghiệp trên tổng số 9.000 doanh nghiệp có khả năng trích lập quỹ. 

Tại tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu, từ năm 2009 đến tháng 12/2015 có 7 doanh nghiệp thành lập quỹ, trong đó có 4 doanh nghiệp đã trích lập quỹ với số tiền khoảng 152 tỷ đồng. Trong đó, chỉ mới có 48 tỷ đồng đã được sử dụng (chiếm 32%) và 34 tỷ đồng điều chuyển về công ty mẹ (22%).

Tại Hà Nội, tính từ năm 2009 đến ngày 26/11/2015 đã có 45 doanh nghiệp và 2 tổ chức KH&CN thành lập quỹ, phần lớn là doanh nghiệp có vốn nhà nước.

Một số doanh nghiệp đã trích lập quỹ bối rối không biết làm thế nào sử dụng dụng quỹ hoặc không sử dụng hết phải hoàn nhập quỹ như Công ty Vissan, Tập đoàn Công nghiệp cao su Việt Nam…

Đầu tiên, đó là do quy định về kiểm soát chi quỹ chặt chẽ như đối với ngân sách nhà nước. Trong khi quan điểm của phần lớn doanh nghiêp là tiền đầu tư của doanh nghiệp phải do doanh nghiệp quyết định sử dụng.

Theo bà Lê Thanh Hiếu - Trưởng phòng Công nghệ, Sở KH&CN Hà Nội thì “Quỹ này trực thuộc doanh nghiệp, nhưng lại không có pháp nhân độc lập. Chính vì thế doanh nghiệp không chi được quỹ”. Một số doanh nghiệp phản ánh, việc sử dụng quỹ phát triển KH&CN giống như sử dụng ngân sách nhà nước với thủ tục kiểm soát chi chặt chẽ, rất khó chủ động. Trong thời hạn 5 năm kể từ năm kế tiếp năm trích lập, nếu không sử dụng hết 70%, doanh nghiệp phải quay trở lại đóng thuế cho khoản kinh phí đã trích lập. 

Hai là, thiếu quy định về xét duyệt, nghiệm thu các đề tài và dự án KH&CN trong khi thủ tục quyết toán tài chính liên quan tới quỹ này rất phức tạp. Cho đến nay chưa có văn bản quy định của Nhà nước về thủ tục xét duyệt, nghiệm thu đối với các đề tài, dự án KH&CN của doanh nghiệp. Thêm nữa, khi quyết toán kinh phí sử dụng quỹ phát triển KH&CN, cơ quan tài chính tại một số địa phương không đồng ý các khoản chi thuộc đề tài/dự án mà doanh nghiệp đã triển khai thực hiện. Lý do là mức chi vượt quá định mức chi cho các đề tài/dự án có sử dụng ngân sách nhà nước theo thông tư liên tịch số 44/2007/ TTLT-BTC-BKHCN - ngày 7/5/2007.

Ba là, doanh nghiệp Việt Nam chủ yếu là doanh nghiệp có quy mô nhỏ, thậm chí siêu nhỏ. Mức trích tối đa 10% không đủ đầu tư cho khoa học công nghệ. Do đó, những doanh nghiệp thuộc quy mô này hầu như không quan tâm đến quỹ.

Để thúc đẩy doanh nghiệp lập và chi quỹ phát triển KHCN, việc tháo gỡ những khó khăn trên được xem là điểm cốt yếu cần khẩn trương thực hiện.